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种质资源贴上了DNA标签
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  种质资源是现代种业发展的“军火库”,支撑农业增产增收。资源收集保存过程中,同名异物,异名同物等现象普遍存在,通过形态学鉴定是目前主要解决方法,但是需要大量的人工和资源成本。近日,江苏省农科院种质资源与生物技术所赵涵团队与安徽省农科院烟草所合作,通过对重测序大数据分析和模拟,明确玉米基因组中高变异位点,发展出一套二态型InDel分子标系统,可以辨别不同玉米资源材料的身份,准确率达到98.5%, 该系统还具有低成本、低设备要求、获得信息重复性好,易存储读取,且兼容不同数据库以及实验室之间数据可进行有效交流。该技术体系目前已在玉米、大麦、水稻和小麦上开展应用。

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  该研究基于玉米重测序数据,在全基因组层面上筛选InDel位点。经过碱基质量(Q20)、缺失率(小于10%)、MAF(大于0.05)以及LD等过滤后,共筛选到近千个在双亲间差异大于20bp的InDel位点。开发了200个InDel分子标记,通过多群体验证,最终保留37个高多态信息量的二态型Indel分子标记(图一)。这些标记用于DNA标签系统,建立了不同玉米材料的Barcode分类系统(图二)。该套系统还可对玉米杂交种亲本进行背景追溯。

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                           图一、37 InDel 分子标记的染色体分布


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                              图二、 DNA标签系统以及分类

  研究结果已在Plant Methods发表, 题为“A cost-effective barcode system for maize genetic discrimination based on bi-allelic InDel marker”。该研究得到了国家重点研发计划(2017YFD0102005)、国家自然科学基金(31671760)、江苏省农业科技自主创新基金[CX(18)1001]、安徽省自然科学基金(1808085QC87)以及安徽省农业科技创新基金(18C0919)等资助。